Mensen lieten in de kerk hun kinderen dopen, trouwden in de kerk en begroeven er hun familieleden en vrienden. Daarnaast werd de kerk door de eeuwen heen benut voor niet-kerkelijke doeleinden. Men kon er luisteren naar orgelconcerten, een aanstaande man of vrouw vinden, belangrijke gasten ontvangen of rondwandelen om de bezienswaardigheden te bekijken.
Oorspronkelijke kerkinrichting
Tot de oorspronkelijke kerkinrichting van de kerk behoren onder meer twee wereldberoemde kerkorgels, de 16e eeuwse houten tombe voor het hart van Floris V, de schildering het Laatste Oordeel, het koorhek, de koorbanken, de voormalige doopkapel, de uitvaartkapel, de preekstoel uit 1665, het doophek uit 1605 in sobere renaissance stijl, de banken in de dooptuin rond de preekstoel, de hoger gelegen herenbanken uit de 17e eeuw, destijds bestemd voor de leden van het stadsbestuur die vanaf de beste plek over de andere kerkganger heen konden kijken, monumentale koperen kaarsenkronen uit het midden van de 17e eeuw, het kerkscheepje in de kooromgang als herinnering van de tocht van Michiel de Ruyter naar Chatham in Engeland en de bijzondere blauwgrijze grafzerken, waarvan de oudste uit 1500 dateert. Bijzonder is ook het eigentijdse drieluik, geschilderd door de Alkmaarse kunstenares Pauline Bakker. Op het drieluik zijn historische momenten uit de geschiedenis van Alkmaar afgebeeld. Wanneer het drieluik gesloten is, zijn schilderingen van kenmerkende locaties van het 21ste eeuwse Alkmaar te zien.
Wereldberoemde kerkorgels
Voor de liefhebbers en kenners vormen het Van Covelens orgel (1511) en het Van Hagerbeer/Schnitger orgel (1645-1725) een waar orgelparadijs. De orgels bleven de afgelopen eeuwen bespaard van ingrepen in klank en constructie. Regelmatig worden op beide orgels concerten gegeven. Het Van Covelens orgel is uitermate geschikt voor middeleeuwse en renaissance muziek. Het Van Hagerbeer/Schnitger orgel geniet wereldfaam voor Bach en Noordduitse meesters. In 1626 ontwierp Jacob van Campen de orgelkast, met de grootste kerkorgelluiken ter wereld. Caeser van Everdingen kreeg in 1643 opdracht om de deuren van de orgelkast te beschilderen met ?De triomfe van den Coninck Saul?. Deze schildering behoort tot een van zijn eerste grote werken.
Restauratie van het Laatste Oordeel
Bijzonder is Het Laatste Oordeel uit 1518, hoogstwaarschijnlijk geschilderd door de schilder Jacob Cornelisz. van Oostsanen. De schildering is aangebracht op het houten gewelf boven het koor. In het midden zit Christus op een regenboog. Rondom hem zweven engelen. Christus oordeelt als rechter over de doden, die juist opstaan uit hun graven. De zielen van de doden worden op een weegschaal gewogen. Aartsengel Michael staat erbij, gekleed in wapenuitrusting. Aan de rechterhand van Christus brengen Engelen zielen naar de hemel. Aan de linkerhand van Christus is de hel met vuur en monsterlijke duivels. In 1885 werd de schildering gesloopt en belandde het via omwegen in 1901 in het Rijksmuseum. In 1943 is Het Laatste Oordeel teruggeplaatst. Momenteel werken restauratoren tot en met 2010 aan de schildering, omdat het hout onder de schildering is aangetast.
